Inicialmente, el Museo PALEOV-UJA, surgió como una propuesta del anterior Centro de Estudios Avanzados en Ciencias de la Tierra (CEACTierra), a través de su Plan plurianual de actividades 2015. PALEOV-UJA contó además con una subvención del Instituto de Estudios Giennenses (convocatoria de 2018) para proyectos de investigación del área de Ciencias Naturales y Tecnología, el cual permitió ponerlo en marcha en el año 2019.
La herramienta de uso elegida para el museo PALEOV-UJA ha sido la plataforma Sketchfab. Este sitio web, basado en tecnología WebGL, permite reproducir, visualizar y compartir modelos 3D tanto en ordenadores como en dispositivos móviles y se ha integrado en el servidor del museo, operativo en 2023.
Actualmente, el Museo dispone de cinco salas virtuales dedicadas a: Invertebrados (Moluscos, Braquiópodos, Artrópodos y Equinodermos); Vertebrados; Fósiles vegetales; y Lugares de interés geológico.